교회 구조는 개신교의 교회 구조와는 다르게 앞쪽에 강단(bema)가 있고 그 뒤에 작게 지성소가 구분되어 있다.

지성소의 방향은 성소피아성당을 향하도록 지어졌다고 하는데, 그리스에 있는 도시들의 초대 교회)들은 지성소가

성 소피아를 향하도록 지어졌다고 한다.

지성소 안에는 돌로 만든 궤가 있고 그 안에는 면직물로 싼 시편 말씀을 적은 조각들이 들어있었다고 한다.

성전 가운데에는 설교단이 있고, 성전 문과 성전 안 사이에 지금 교회건물로는 로비쯤에 해당하는 자리(narthes)가 있었다.

초기 기독교 시대에는 성전 안에 세례 받은 사람만 들어 올수 있었기에 성당 정면 입구와 본당 사이에 좁고 긴 현관을 꾸며

본당 안에 들어가지 못하는, 세례를 준비하는 사람들과 회개하러 온 사람들의 예배 장소로 삼았다.

또 건물의 북쪽, 교회 내부와 벽을 두고 세례를 위한 별도의 공간, 세례실과 세례 준비실이 있었다.

교회 기둥도 이렇게 하트 모양이며 곳곳에 이곳이 분명 교회 였음을 보여주는 십자가 문양들이 세겨져 있었다.

이 교회가 이렇게 무너진것은 6세기의 지진 때문이라고 한다.

물론 이 교회 건물은 우리가 성경에서보는 빌립보 교회는 아니다.

신약성서 시대에는 유대인들에게 그리스도인들이 많은 핍박을 받았고 기독교를 위한 건물은 지어질 수 없었다.

우리가 유적지에서 보는 교회들은 대부분 5세기 경의 것으로 기독교가 로마의 국교가 된 뒤에 지어진 것이다.

이 교회 를 통해 빌립보에서 바울의 전도가 많은 열매를 맺어 이 곳에 후에

이렇게 큰 교회가 세워질 수 있었다라는 것이다.